La zona baja, en cambio, está en las provincias de Napo y Sucumbíos, hacia las estribaciones de la Cordillera Oriental de los Andes. Sobre las estribaciones de la Cordillera, hay una altísima biodiversidad florística. Esos terrenos están cubiertos por vegetación natural, en la que los árboles de puma maqui y quishuar van cediendo terreno a bosques con árboles grandes y vegetación densa, que van creando un ambiente de selva. Los bosques de la zona corresponden al Nublado Andino y al Húmedo Tropical.

Será importante llevar ropa abrigada por sus bajas temperaturas. Si se pretende hacer trekking lo mejor será llevar ropa cómoda y comida en lata por la facilidad para ser llevada, no deberá faltar un poncho de aguas impermeable, los zapatos tendrán que ser lo suficientemente resistentes pero cómodos para la caminata. Un artículo infaltable será un par de binoculares para no perderse un detalle de lo que la naturaleza nos brinda y si se quiere conservar estas imágenes lo recomendable es llevar una cámara de fotos o de video. No deberá faltar un pequeño botiquín con lo indispensable para cualquier emergencia.

Zona alta

Los accesos más frecuentes se dan desde la ciudad de Cayambe y, en menor número, desde Ibarra; a ambas se llega por la carretera Panamericana. Se indican sólo los ingresos más relevantes.

Desde Cayambe se puede tomar la vía que pasa por la población de Olmedo y conduce hasta la comunidad indígena de La Chimba y el sitio conocido como Piedra Colorada; desde allí, un sendero desciende hasta la laguna de San Marcos. Todo el viajes desde Cayambe toma aproximadamente 2 horas puesto que se trata de caminos de segundo orden.

También desde Cayambe parte un camino carrozable que llega al sector de Piemonte, donde se halla un control de ingreso a la Reserva, y luego continúa hasta el refugio del volcán Cayambe.

Para llegar a las poblaciones de Cangahua y Oyacachi también se puede viajar desde Cayambe por una carretera de primer orden.

Al sector norte de la Reserva, a la laguna de Puruhanta más específicamente, se llega desde la ciudad de Ibarra, por vía terrestre, hasta el poblado de Nueva América, pasando antes las poblaciones de Pimampiro y Mariano Acosta. Seis horas más a pie por un sendero en estado regular conducen hasta la laguna propiamente dicha.

Zona baja

La gran mayoría de accesos a los atractivos de esta zona parten de la vía Interoceánica que en uno de sus tramos une los poblados de Papallacta y Nueva Loja (Lago Agrio).

Esta vía pasa a un costado de la guardianía de la Virgen, en el sector de Papallacta aún a 4.000 msnm. La carretera continúa descendiendo por Baeza y El Chaco, sobre el límite sur-oriental de la Reserva, y pasa por el sector del volcán Reventador donde, a unos 5 km. desde el camino, existe otra guardianía.

Un tercer sitio de control existe cerca al poblado de Lumbaquí; un sendero parte desde la carretera y accede hasta la comunidad quechua de los Chuscuyacus, donde también hay una guardianía en la ribera del río Aguarico. Para visitar la comunidad Cofán de Sinangüé se puede navegar 3 horas aguas arriba por este mismo río o avanzar por tierra hasta el sector de La Bonita para luego cruzar el Aguarico hasta la comunidad.

Turismo - Comunidad de Oyacachi

Esta es una comunidad quechua de asentamiento ancestral; antiguamente se la conocía por la producción de artesanías en madera de aliso como bateas y cucharas talladas en palo; en la actualidad, se ha sumado a esta actividad la creación de artesanías en madera que representan a las especies de la zona: cóndores, dantas, osos y peces, entre otros, así como la explotación de sus aguas termales. Es de gran atractivo en el lugar el "Pueblo Viejo", ubicado hacia el oriente del pueblo actual, puesto que guarda los vestigios de un antiguo asentamiento que al parecer fue abandonado alrededor de 1886. Las leyendas y la tradición oral cuentan muchas historias ocurridas en el Pueblo Viejo de Oyacachi, de donde es oriunda la Virgen del Quinche, actualmente guardada en esa ciudad; millares de devotos acuden anualmente en peregrinación hasta su altar.

Turismo - Comunidad de Sinangüé

Es una comunidad ancestral Cofán ubicada a orillas del río Aguarico. Sobresale por la armónica relación que sus integrantes guardan con el medio que les rodea, y por su involucramiento en varios proyectos de protección ambiental y turismo ecológico.